دكتر رضا داوري اردكاني، در مقاله‌اي كه به تازگي به چاپ رسانده، از نگاه انحصاري و سطحي به ISI  و تبديل آن به ملاك توليد دانش و توسعه علمي به شدت انتقاد كرد.

اين فيلسوف برجسته كشور كه اين مقاله را با كنايه بخشي از وصيتنامه خود به عنوان «يك پير دانشگاهي» خوانده، ضمن پذيرش مفيد بودن استفاده از فهرست‌نويسي ISI  به عنوان يك ابزار، به رسميت شناختن اين ملاك به عنوان تنها معيار توسعه علمي را خطرناك خواند.
                                 

در بخشي از مقاله دكتر رضا داوري اردكاني آمده است:
ISI  سازمان خوبي است كه در حدود پنجاه سال پيش تأسيس شده است. اين سازمان مقاله‌هايي را كه در مجله‌هايي كه خود به رسميت شناخته و چاپ شده است، فهرست مي‌كند و وسيله‌اي فراهم مي‌كند كه طالبان، به مقاله‌هاي مورد نظر خود به آساني دست يابند و البته با رجوع به آن مي‌توان پيشرفت علم در جهان و در كشورها را با تقريب اندازه گرفت و سطح علم كشورها را سنجيد. دانشمندان ما هم از چندين سال پيش به اهميت چاپ مقاله‌ها در مجله‌هايISI پي برده‌اند و در اين كار كم و بيش اهتمام كرده‌اند. اين اهتمام بويژه از جهت سياسي و حفظ حيثيت كشور موجه است زيرا سرعت رشد پيشرفت علمي و تناسب يا بي تناسبي پژوهش در كشورها و رتبه علمي هر كشور را به تقريب معلوم مي‌كند. تا اينجا نه فقط هيچ اشكالي برISI  وارد نيست بلكه اقبال به آن شايسته و لازم به نظر مي‌رسد.
قضيه وقتي دشوار مي‌شود كهISI  نه فقط ملاك مطلق در رتبه بندي علمي كشورها و تعيين مقام و مرتبه دانشمندان مي‌شود بلكه مقام بلندي پيدا مي‌كند و به صورت هيكل مقدسي درمي آيد كه چون و چرا در مطلق بودن آن جهل و كفر به شمار مي‌رود. در اين صورت چه بسا كه ISI به كلي بي فايده و حتي مضر شود ISI را بايد همان كه هست بازشناخت و پذيرفت و از آن فايده برد.
ما از ابتدا تلقي صحيحي ازISI  نداشتيم و چون تازه وارد راه علم سنجي شده بوديم و ملاك و ميزان نداشتيم (و اگر هم داشتيم و داشته باشيم به طور معمول به ملاك‌هاي خودي اعتماد نمي‌كنيم) ناگزير ISI را ملاك مطلق علم و جهل فرض كرديم و به كسي كه مقالاتش در فهرست ISI درج نشده است، نمره صفر داديم و او را در علم بي صلاحيت دانستيم. اين يك ظلم ساده نيست بلكه مي‌تواند اقدامي در جهت سست كردن رشته ارتباط علم با جامعه علمي كشور و فراهم ساختن مجال براي ظاهرسازي و مقاله پردازي باشد. اين ظلم ناشي از يك جابه جايي كوچك است. علاقه و اعتقاد پژوهندگان و متصديان اداره علم كشور بهIS I  چندان هم بي وجه نيست... .

حرفي نيست، مقاله نويسي در مجله‌هاي ISI  را تشويق كنيم اما الزام دانشمندان به اين كار و موكول كردن ارتقا در مراتب دانشگاهي به داشتن مقاله در ISI نشانه خوبي نيست و شايد با روح علم ناسازگار باشد. اين الزام‌ها كه با نظر به بعضي ملاحظه‌هاي سياسي توجيه مي‌شود، تدبيري است كه نه سياست مداران بلكه دانشگاهيان نه چندان آشنا با سياست اتخاذ كرده اند. اكنون هم چنان از ISI دفاع مي‌كنند كه گويي كعبه و مقصد نهايي علم است و اگر به آن رو كنيم، رستگار مي‌شويم و بي اعتنايي به آن عين كفر و جهل است. نيت آنان به احتمال قوي نيت خير است اما تدبيرشان يا بهتر بگويم تحكم شان هيچ سودي براي علم كشور ندارد. مهمترين حجتي كه در دفاع از الزام به نوشتن مقاله در ISI دارند اين است كه ما ملاك دقيق ديگري نداريم. پاسخ اين است كه هرجا علم هست ملاك هم هست پس بگرديم و ملاك يا ملاك‌ها را پيدا كنيم... .